Bei der Verbesserung des  Biotopverbunds in Bayern nehmen BayernNetzNatur-Projekten eine Schlüsselrolle  ein. Dabei liegt der Fokus auf der Stärkung bzw. Vergrößerung bestehender  Lebensräume und/oder auf der Vernetzung der Lebensräume untereinander.
Besonders eindrucksvoll sind Projekte  mit einer Projektfläche von mehreren 100 km², die über mehrere Landkreise  gehen. Eines der ältesten und erfolgreichsten Vorhaben ist das 2005  abgeschlossene Projekt „Lebensraum Lechtal“. Entlang der „Florenbrücke Lechtal“,  die die Alpen mit den Mittelgebirgen verbindet, wurden von Füssen im Süden bis  Rain im Norden vor allem zahlreiche Magerrasen wiederhergestellt und  miteinander vernetzt. In Nordbayern sind die „Sandachse Franken“, mit gut 1800  km², und das Juradistl-Projekt in der Oberpfalz, mit knapp 1700 km², die  größten Projekte. In all diesen Projekten ist nicht nur die Vernetzung der  Lebensräume, sondern auch die der Akteure von größter Bedeutung. Vor allem  Landschaftspflege- und Naturschutzverbände sowie Kommunen und  Naturschutzbehörden aus mehreren Landkreisen und Regierungsbezirken arbeiten  dabei eng zusammen.
Nationale und internationale  Aufmerksamkeit erreichen vor allem Projekte, die über die Grenzen Bayerns  hinausgehen. Dazu zählen insbesondere Projekte entlang des „Grünen Bandes“, der  ehemaligen Grenze zwischen Ost- und West-Deutschland, wo sich aufgrund der  fehlenden landwirtschaftlichen Nutzung naturnahe Strukturen über viele 1000 km  erhalten konnten. Ein gutes Beispiel dafür ist das Projekt „Grünes Band Rodachtal  - Lange Berge – Steinachtal“, das 2010 als Naturschutzgroßprojekt des Bundes  begann. Kooperationspartner waren hier die Freistaaten Bayern und Thüringen.
Insgesamt bietet die Verknüpfung  zwischen ökonomischen und ökologischen Ansprüchen häufig eine gute Basis für  gelungene Biotopverbundsysteme. So wurden im Projekt „Altmühlleiten“ Magerrasen  nicht nur optimiert und durch das Beseitigen von Büschen vergrößert, sondern  durch die Wiederherstellung von Triftwegesystemen für die Schäfer besser  vernetzt. Damit kommen nicht nur die Schafe besser auf ihre Weideflächen  – Viele andere Organismen nutzen die Triftwege als Wanderwege. Einige  wenig mobile Arten sind sogar auf Schafe als Transportmittel angewiesen – z. B.  Pflanzenarten, deren Samen im Fell, oder Schnecken, die zwischen den Klauen der  Schafe von einer Fläche zur nächsten transportiert werden. Besonders wichtig  ist die Verbundfunktion der Triftwege in Landschaften, in denen die Magerrasen  von Natur aus stark isoliert sind und wie Inseln aus der umgebenden intensiv  genutzten Landschaft herausragen – z. B. im Projekt „Heide-Allianz“.
Ein besonders gelungenes Beispiel für  ein „Leben für den Biotopverbund“ ist die Stiftung „Kulturlandschaft Günztal“.  Ausgehend vom Projekt „Biotopverbund Westliche Günz – Ottobeuren“ im  Unterallgäu hat diese inzwischen die Trägerschaft von mehreren Projekten  entlang der Günz übernommen – über drei Landkreise hinweg. Auch auf  Gemeindeebene wurden schon Biotopverbund-Systeme etabliert. Ein Beispiel dafür  ist der Biotopverbund der Stadt Mainburg (Landkreis Kelheim).